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RiceLncPedia: a curated knowledgebase of rice Long non-coding RNAs
Summary
Sequence
Coding Potentia
Genome Browser
Expression
Variation
Sequence

>Osa02LNT0155100.2

TCTCATCTCTTCCCCTCCTCGTCTCGTCGAGAATTCCCCACTTCTCCGTCTCGCCATCGCCGCCGCATCCAAGCCCTAAACCCTCTCCTCTCCTTCTCTCACCCATGGCCGTGGCCACAATTGGCGCCGCAGCAGCCTCCCCATGCCTCCGGCACGTCCACCTGTTAGGGCTTCTGATCGAGGCGCATCCAGTCGAGAAGTTTCTCTGGGCAAAATTTAAGATGCAAGGAGATATAATGATACTCTTGTCCGATATCACCCTTCAAGTCAAGGTCAAGCTACCTTATACTGACATGATGGTAACAACTTCAGTTACATTTTGTGGAAGGCTTACATTCAAGCCAAAAATGTTACCATCTAGCATCAAAACACAACTGCCATCTCTTTGGTGGAACACTCTTGATGTGGCTCTTCAGGTAAGGTTGTGGGCTGGAGAAGTTGAGATAGTGAGAAGATCAATAGACTCTGATACCATGAAAGCAGTTATGCCACATGTTGATGCACTGCATTAAACTCTTGCGTGTGAACAAAACTACTATATTTCCTGAATCGTGTATTTGCCCTGCAATCAATTGACTATGCAGATCCCATTTGAGGAGTATGGCAATACCCAAAAAAGAGGTCCCACCGGGATTTGAACCCAGGTTGCCAGATTCAAAGTCTGGAGTGCTAACCACTACACTATGGAACCAGGTGAGATAAGACCACAGAGCCAGTCATCGCTATGTCTGAAAGCATATAGACTATTTCCCAGCTGTTTACACCCCGGCAAAACAATGTTCAATCTTATAAGGTGAGATAAGGCCACAGATCCAGCTATCACTATGTCCACAAACATGTGCGAATCCCCAGTTGTTTACTGCACAAATTCACCCCAACAAAACCATGTTTAACCTTGTCAGGTGAGATAAGACTGCATAGCCAGCCATCGCAATGTCCGCAACATGTGAGAAACTGAGAATTCCCTGTTGTTTACCTCACAAGTTCAGCCCATGAAAATCATGGTCATCCTTGTTAGTGTATCAGAAACTCCTTTTCATATTCCAAGGGGTTCACAGTAAACGGTGGAAAAACACAAGGATCAGAACTCAGAACCGCTGCTGTTTGCATTCGGACTTTCAATTTGGAGTAACAGTGTACCTTGCAGGAGCAAAATTGATGCTTCACTGATGCAGCAGCCTCCCTGGAGTTTTGATCGTGGTGTTGTAGACTAAATGGTAGGGCGCATGAGAATATGGGGTGTGGCATGTATGAGGCCTTGTGAAATATGGCTGAGTGAGCCGATGTGTTAGTGCCGTCTTTTAGTTGGCAACATTCTGAGTGAAAATAGCCTATAGAACGTTGCTAGTATATGTTCTTGATAATTGCCTGATACATTGTTCTTGTACTTGTATGCTACTATGCTAGTGCATATCACTTGTCAAATCCATGGAATTTCTTTCCAGTGGAGACTGCACAATGAAGTTCCAATGTTTTTTTCTTAAAATTCA

Coding Potentia
Explanation CPC Score
noncoding (weak) -0.75984
Genome Browser
Expression
Variation
Transcript ID Chromosome Locus Ref Alt
Osa02LNT0155100.2 2 8527192 T G
Osa02LNT0155100.2 2 8528320 T C
Osa02LNT0155100.2 2 8531345 T C
Osa02LNT0155100.2 2 8518518 G C
Osa02LNT0155100.2 2 8518525 A C
Osa02LNT0155100.2 2 8519687 G C
Osa02LNT0155100.2 2 8520003 C T
Osa02LNT0155100.2 2 8520141 G T
Osa02LNT0155100.2 2 8520319 G A
Osa02LNT0155100.2 2 8521179 A G
Osa02LNT0155100.2 2 8521396 T A
Osa02LNT0155100.2 2 8521487 T C
Osa02LNT0155100.2 2 8521834 A G
Osa02LNT0155100.2 2 8522105 G A
Osa02LNT0155100.2 2 8522109 A G
Osa02LNT0155100.2 2 8522186 T C
Osa02LNT0155100.2 2 8522721 G T
Osa02LNT0155100.2 2 8522828 A G
Osa02LNT0155100.2 2 8523043 C T
Osa02LNT0155100.2 2 8523604 T A
Osa02LNT0155100.2 2 8523751 G A
Osa02LNT0155100.2 2 8524006 A G
Osa02LNT0155100.2 2 8524904 T C
Osa02LNT0155100.2 2 8525229 T C
Osa02LNT0155100.2 2 8525417 G C
Osa02LNT0155100.2 2 8525957 A T
Osa02LNT0155100.2 2 8526205 T A
Osa02LNT0155100.2 2 8527379 G A
Osa02LNT0155100.2 2 8527589 A G
Osa02LNT0155100.2 2 8528045 A T
Osa02LNT0155100.2 2 8528072 C T
Osa02LNT0155100.2 2 8528158 T A
Osa02LNT0155100.2 2 8528892 T C
Osa02LNT0155100.2 2 8531784 G A
Osa02LNT0155100.2 2 8531934 A T
Osa02LNT0155100.2 2 8533508 C T
Osa02LNT0155100.2 2 8533814 T G
Osa02LNT0155100.2 2 8533816 T C
Osa02LNT0155100.2 2 8534041 A C
Osa02LNT0155100.2 2 8534862 C T
Osa02LNT0155100.2 2 8533025 T G
Osa02LNT0155100.2 2 8535228 C G
Osa02LNT0155100.2 2 8520516 G A
Osa02LNT0155100.2 2 8530316 A G
Osa02LNT0155100.2 2 8532221 A G
Osa02LNT0155100.2 2 8530701 G A
Osa02LNT0155100.2 2 8519462 T C
Osa02LNT0155100.2 2 8533830 C A
Transposon
Transcript ID Transposon ID Chromosome Strand Start End Counts
small RNA targets
Transcript ID MiRNA ID Inhibition Expectation Score Binding Start Binding End
Osa02LNT0155100.2 osa-miR5821 Cleavage 5.0 13.184 1 21
Osa02LNT0155100.2 osa-miR5821 Cleavage 5.0 16.444 1 21
Osa02LNT0155100.2 osa-miR5821 Translation 5.0 13.599 1 21
Osa02LNT0155100.2 osa-miR172d-5p Cleavage 5.0 19.382 1 20
Osa02LNT0155100.2 osa-miR417 Translation 3.5 13.86 1 21
Osa02LNT0155100.2 osa-miR396e-5p Cleavage 4.5 17.621 1 21
Osa02LNT0155100.2 osa-miR818a Translation 4.5 14.397 1 22
Osa02LNT0155100.2 osa-miR818b Translation 4.5 14.397 1 22
Osa02LNT0155100.2 osa-miR818c Translation 4.5 14.397 1 22
Osa02LNT0155100.2 osa-miR818d Translation 4.5 14.397 1 22
Osa02LNT0155100.2 osa-miR818e Translation 4.5 14.397 1 22
Osa02LNT0155100.2 osa-miR1853-3p Cleavage 5.0 15.321 1 22
Osa02LNT0155100.2 osa-miR2868 Cleavage 5.0 10.946 1 20
Osa02LNT0155100.2 osa-miR396g Cleavage 4.5 17.621 1 21
Osa02LNT0155100.2 osa-miR396h Cleavage 4.5 17.621 1 21
Osa02LNT0155100.2 osa-miR396d Cleavage 4.5 17.621 1 21
QTL
Transcript ID Chr QTL Gene Character Major Character Minor Marker Interval1 Marker Interval2
Osa02LNT0155100.2 2 qLRS-2 Resistance or Tolerance Drought tolerance RM322 RM324
Osa02LNT0155100.2 2 qMXA-2-1 Morphological trait Root OSR9A RM71
Osa02LNT0155100.2 2 nan Resistance or Tolerance Drought tolerance RG83 RG171
Osa02LNT0155100.2 2 qEML-2 Morphological trait Seed R2344 R712
Osa02LNT0155100.2 2 qPH-2 Morphological trait Dwarf RG324 RG83
Osa02LNT0155100.2 2 qLER-2 Morphological trait Culm/leaf R2344 R712
pre-miRNA
Transcript ID Pre-miRNA Identity(%) Alignment Length Pre-miRNA start Pre-miRNA end E-value Bitscore
GWAS
Transcript ID Chromosome Locus Trait Value Plus Minus