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RiceLncPedia: a curated knowledgebase of rice Long non-coding RNAs
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>Osa02LNT0156100.1

AACAACCCTCAAATGATTAACATGTTCCTCCAACATACGGCTATAGATCAGATTATCGTCGACGAAAACCAAAACACAACGCCGCAAGAGTGAGGATAAAATGTTGTTCATCACCCCTTGAAAAGTGGCCGAAGCAATGGTAAGACCAAAGGGAATGACACAGAATTCAAAGTGGCCATGGTGAGTACGGAAGGCAGTCTTATGCTCATCGGCAGAATTCATCCGTATTTGATGATAACCCGATCGAAGATCAAGCTTGGTAAACCACTGTGCACCCGATAACTCATCAAGCAATTCATCAATAGTAGGAAGGGGGATACTTACTCTTGACCGTAATTGCATTCAAATGACGGTAATCCACACAAAACCGCCACGTGCCATCCTTTTTCTTAATGAGCAGCACTGGGGAAGAGAATGGGCTTGCACTAGGCTGAATGATTCCCTTATTCAACATCTCAGTAACTTGTGACTCTATCTCATCTTTTTGGGCAGGGGTATAACGGTAGGGTCGCACACTAACAGGTTGAGCCCCAGGCAGCTAAGGAATGGTATGATCAAATGATCGCGAAGGAGGCAAACCAGATGGTTCATCAAAGATACCAGAGAAGTCCTGAAGCACCTGCTGTACACTGTCCGGAATAAACTCCTGTTCTGGTTTGCTATGTGAGACACATAACTGAACAAGATGAGCCACGGCTTGCTTAGCTTGCAGCTGTTTCATTTGACGACCAAGCAGTAAGTTACACTGAGAAGTCTGAGAATTAATTCCTTGCAACAAAATAAATTGGCCTTTCAGTGAGACAGTAAGCTGTTTGGTGGCCCAGTTCACTGTCATGGGACTATGCGCCGTCAACCAATCCATGCCCAAAATCAAGTCATAACTGTTAAGAGAAAGAACCCTGAGAGTTGTATTAAACACATACCCCTGAGTGCTCCATTGACAATCAGTAATGGCAGAAGTACAGTGCAAGATATTTCCATTAGCCACTTGGACAGAAATTTGCTGTGGTTTCCTCTGAACATTCCTTAAACTGTCAGCAATGGTGGAATTCAGAAAACTCACAGAACTGCCAGAATCTACCAAGATGAGAACCTCCAGCCCCTAAATTTGACCCACCATTCGCATGGTGCCATCAGTTTCAGAACCCAAAACTGCTTGAAGAGATATTGCCATCAATGCACCATCGGCCGACACTATGACTCATCTTCGAGAGTAATATCAGCCTCTTGTAGAATACTGAAAAGCTCTTGAACTGCATGCAGTTGCACTTGAGAGCTGAAATCTTGTCTGACGGAGAAGAAGTCGAGCGATGGGGCTCAGTACCCAGACGGTCTTCAGTGCGATTACTCCCAACTGTTCAACCTGGGGGTTGAGGTAGTGGCCAAGCCCCTTTCATTGAAGGCTTATTGTTCAGATGGCCATCAAATTTCTTTGGTTCACGAGTTGATTGTCCACCCGACGACTCCGCCGCTTCTTCCTGTAAAGTAGCAATAGCAAGAGCAGTTTCTAGATCTCGAGGTCGTTGCAGAAGAACAGCATTGTGAATATCCTATCTTAAACCCTCAGTGAACCTATGGATCAGATATCTCATACTCACTGCTGGATCATAAGCTAACAGGTGATTCATCAACTCATCAAATTTCTCATAAAACTCCCACACAGTCCCTATCTGCCTAATTGTATCCATTTGCCTAATCAATTCATCATGTTGATCCCTATCGAATTTGTTAGCTACTGCTACACAGAAATCCTCCCAAACTGGAAACCGAACATGAGCCCTCGATGATCTAAGCCAGGAAGCAGCTCTACCCATGAAATAGATGGTGGAAACCCACACCCATAGCCCTGGATAAGTGTTGTTCACATCAAAGTAATGCTCACATCTCATGCGCCAATCTTGCGGGTCTGATCCGTCAAACTTAGGGAAATCGAGTTTAGGTACTCTGTGATTGTACTGCCGATTCCCCTGATCCAAATCACTCACCCCCCATCAAAATCGAAATTCTCCAAGGATCAAAAGGGAATTCGATTGGAATCAGACGTACCCTTGCCCAGAGAATGGATCAGGGTAGTAACTACACCCGATGCCTTTCCCCGGAAATTTTGATGAAGACGGTGGCCATTGGCCCATTTCTCCGCGCCCTCCGCCACAGCTGCAGGCGAGGTAGCCGTCGGCGTTGGCAGCAATGGGGCCTTCCTTTCCTCGCCCGTCAACGGGACCCGAGGGGAAGACGCCGCCGGTGGAGCTTGCTTCACCTTGTTCAGGAGATCCACCTGCTGACGAAGGTCGCCAACTTCTTCATGCAGATCCTGCACAGCCGCCTCCACTTGTGGTCTCCAAGCACTCACGCCTTGATCCAGCTTGATGATGGCGGCCTGCGTATCACCTTGAGCTCGATGCAGCGACACCAATGACTCCTGAATCTCACCCAGCACCTTGCCAAAATCAATATTTTGCTTCTCCATAGCCTCCACTTGAAGCTGCAAACGAGAGATATAGCATGGCTTCTCCAGGATTAACAAGCTCTGATACCAATTTGTCACGGCACCCTAGCTTCGCGCTGCAACAATGGAGGATTCAATAGGATTTTGGAAGAAATTGGAAGGGAAAAGGAAGAACTCAGAGAAGCAGAGATAGAACAGAGAAGAATTGAATTAGATGGGGAATTCTGTTTTTACATCGTTCAATTCACATCTCTTCTCTGCCGATCCTTATATAGCAATGTGCCATTGGATCTCTCTCCCTTACATGTGGCCCAGTCAGTCACTACTGGGTCCACTCACTCCCATGATAGGCCGGATTGGGCCGCTGTTCACGACGCGACTTTCCGAGCCCATCTTGGTGTGACGAAGAAGCTTCATCGCTTGTCTGATCAGGAACAGAAGGTGACGATGCCGTGACAGAAAGTCAGCTAGTTGTCCTTATTTGGTAGAGTACCATTTTTCACTCTGCAGCAGAAAATTGGATGGCTTTTAGCCCTTCCATGGCTTACTGCAAACTGCATGCTGATTTATTTCCTTGTTCTTAACACAGGCAGAGAAGGCCCAATTGCTCAAACGCTTTTCAACTTCATTCTTGAGGACATGAGATCCGGTCCAACTTCGGTTCGCATACCTGTCTCCTACTTAGGCATGGGATGCAAGGATTGGTAGCTGTTGCCCAGTGTAGAGAAGATTTGGATAATGTACAAAGAAACCTGTGAGATTGTTAATTTTGTACAGGTTTATCATGTCTTCAATACCTCATGCTGTATTCAGAATGACTAGCTCCAATTCAGCGACATCAATTTGATTCAGAGTTACTGCTGCTTTCTTTGGGCGTTGTGTTTGATTAATCTTATCAGGCTGGAATGGTGCAAATGTTTGCTCCTCCTATCACATATTTTTTATTTTGGCAAATCTTTCTACAGGGCATCGTGACTTCGCAGTTTTAGCTGTAGAACACCACGCAAAGTGACTTTTGGATGAAACACTTTTCAAAAGTTGGATATTTGCTGGTGGACACCGCACCCATTAAAATAATAATTTCCTGGTGAGTAGGAGAGAGAATCGCGTGAAATATTAAAAATGCCCTTGGGCTCACATGTTACCTCTCTTATCTCTTCTCTCTATCCCCTCCTTCCAGCGCCACATTACATCGCTGCCACATCTCGGTGGGAAGATGAGCGTGCGCGACGGCTTAGCATGAGCCCGTCGGTGATGGGTGGCGGAGAGGGTGGCTCGGCCGAAGGCCGAGATGGGTAGAGTGGACCCTCCTGCACCTTCTAGAGGCAGCGGCGTGGCTGAGGGTGGCTAGAGGTGGCAAGTGCCATGGCTGGCGGTGACAGTGGGTCCGGGACGGCGACGACGACGTGGCTATGGTGGATGGTGGCTCGATTAAAGGAGAGGGGAGGGCCTAGTGACTATTGGGAGACAGCTTGGAGCTGTGCGGCGGCGAGGACCCGAGGTGGGCGGCTGTGGCTCTCCGCTCGACTTCCCCTGAAATTTGTTGAGGGAATGGAGTTAGGGAGGTCTTGGGAGCATGATGGCGCGAGGAAAAGGGAAGGGACTCAATGAGGCGTTGGTTTGCTTTTTGCGGGGGGATGCGGCATTGCTCTGGCCGACGCAAAGCAGTGGCGGTGGCATGGCGCAGGTCACCAGTGCCGGCGTGGAGATGGTTGTGGCCTAGTTGATGGATGGCGACACGGCAAGGAGGGTACGTGCCAGGGAGCTCGCCGTGAGGGCGAGGGCAGCGACCTTCATGTGGGTCAAGGGCAGCGTCGCCGGAGCTACGCCGGTCGGATTTGGAGTGGTGCCGCCGCCACCGTTCCCTATCGTTGTCATCCGTATCGCCGGGGGAGTGGGGTGTGGAGGAGGAGCTTCCGGAGGCCACAGCTTGCTCTGACACGATGCAGTGCTAGGAGGGGATAGATAGAGAAGAGGCAAAGGAGAGCTGACATGTGGGTTGAATGACATTTTTGACATTTCTCGTGATTTCTGTCTCCTCACCTAGAAATTATTATTTTAATGGGTCGTGATTTCTGTCTCCTCACCTAGAAATTATTATTTTAATGGGTCGTGATTTCTGTCTCCTCACCTAGAAATTATTATTTTAATGGGTGCGGTGTTCAGCAGCAAATATCCAACTTTTAAAAGTGTCTTCTCTCAAAAGCCACTTCGCGCGTGTCCTACGGGTAAAACCATAAGTCACAGTTACCTGCAGTAAAATTTGCTTTTATTTTCTGATGATGATGAGTGCCCTAACATGGGCCATGGCCATAGTTTGTTAGGAAGGAAGTGGGCTACTCGGCTTCCCATTCCAGCTCGGTTGGCCGGTCACCTCAAATGGACCCAGTCCCTAAAACCATTTTCTTTTATTTGTCCATTGTTCTTGCGTTTCATCAATTACACGGATTGGTATATGCATATTGTACAGTCAATCTCGCAAAAAAGAAAAAAAACAAATATAAGAAGAAAAAAAACACGGTGAGACACTATAATTGGCTTTTTGTTAAATAAT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Coding Potentia
Explanation CPC Score
noncoding -1.0744
Genome Browser
Expression
Variation
Transcript ID Chromosome Locus Ref Alt
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Osa02LNT0156100.1 2 9921819 C T
Transposon
Transcript ID Transposon ID Chromosome Strand Start End Counts
Osa02LNT0156100.1 DTM_#DNAt_MULE_japo_Os0053 Chr2 - 9920768 9922086 1318
small RNA targets
Transcript ID MiRNA ID Inhibition Expectation Score Binding Start Binding End
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Osa02LNT0156100.1 osa-miR5795 Translation 5.0 19.432 1 22
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Osa02LNT0156100.1 osa-miR2275b Translation 4.0 10.732 1 22
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Osa02LNT0156100.1 osa-miR5081 Translation 5.0 13.491 1 22
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Osa02LNT0156100.1 osa-miR2275d Cleavage 4.5 15.792 1 22
Osa02LNT0156100.1 osa-miR5824 Cleavage 5.0 13.039 1 24
Osa02LNT0156100.1 osa-miR5834 Cleavage 4.5 21.995 1 21
QTL
Transcript ID Chr QTL Gene Character Major Character Minor Marker Interval1 Marker Interval2
Osa02LNT0156100.1 2 nan Resistance or Tolerance Drought tolerance RG83 RG171
Osa02LNT0156100.1 2 qMRLd2 Resistance or Tolerance Other soil stress tolerance RZ324 R712
Osa02LNT0156100.1 2 qPH-2 Morphological trait Dwarf RG324 RG83
Osa02LNT0156100.1 2 qLRS-2 Resistance or Tolerance Drought tolerance RM322 RM324
pre-miRNA
Transcript ID Pre-miRNA Identity(%) Alignment Length Pre-miRNA start Pre-miRNA end E-value Bitscore
GWAS
Transcript ID Chromosome Locus Trait Value Plus Minus