>Osa02LNT0159700.1

CTTCTTCATCTTATCTCTTTTTCCTCGTTCTCCCCTTCTCTCCCTCACGGCTCACGCTCTCCCAGTGCCGCCGCTTCTTAGGCAGCGCCGGCGACGCCGCCGCTCTCCCTAGCGCCGGCTACCGCGCCCCACTCCGGCGACCCCTCAAGCAGATGTCCCGCAGCCGCGAATCGGTTTATTGGCTCCACGCTTCTCTGCCCCTAAGCTAACCCCAGCCACCAGTCTCCTGCTGCTGCTGCCGCCGTGGAGATGGCTGGTGGAAACACAGCGCAACTCCGGTGGCTGCATCCCTTTCCCCCATAGGATCTACTCTCCTCCCCTATTTTAATTTTTTGGTTACCTCGGTTGATTCTACCGTGATTGAAAAATGTGTGGTTCAGCTCCTCCTCCAGAACTCCAAGTCTTCTCTTCTACTGCTGCTCTTCTGGATCTAAGGTGATTTTGCTAGAACTGAGCTTCTCCACCTTGAGCTTGACTGATTGTTTCCCCCCTCTTGAACTGAACCCCCATGCTCTACTTGGAACTCAGGTAATTCTCCTCCTTGGCTCTTGCTCTACTGGTAATATTTGACTGCTTCCTGACATCTTCCTTGATCTGCTTCTGGTGATTCTCTTCCTCCTCTTCAGACTGATCCTCTTGCTTGATTTTCGCTCCATCTTGCTTCTTGACCTGAGTTTCATCTCTTCCTAGAGCTGAAACCCTTCTTCATCCAAGAACTAAACAACCCTGCTTCTCCTTCAGATTTGGTTTTCCTCTCTCTGATTACTTGGCCATGGTTACTACTACTGTTGGTTCATGTATTGGTTTGAGCTGGACTTCAGTTGAGCTATTTCTCTCTGGGTGGAGCTAACACTTAAGCTAATTTTTCCTGGAGCTTGGTTCTATGGTTGTAACTACTACTGCCGCAGCTGCTGCTTGTTTTGGTTTGCACGACCAACCCGAGACTTGGGTTGGAAATGATTCACACAAATTATTTTATCAATGATAAATATTGTACTGGTGATTCACCTGCTTGCATGGCTATTCCCATCCTGTACTTGTGACACCTCAACATGGCTTGTTCGGTGGGATAACCTAAAGCTATTTGTTAATTTCCTTAATTAATGGAAAATTGGTAGAGTCTGAGGTGTTTGATACTTTTGCACTTGAATCCCTCAAGTCTGGTAAAATTGGAGGTTACCATTAGTTTAGGGACTGATTTGTAATTTGTTCTATAACGCAGGGTCCCTTTTTGAAATATTACTAATTACACGATATGTTCTCGGCTAATGTATTTGTACAATATATGAAATGCATACTGTATAATAAGATTTTAAATATATAACTATATCCATGTATGTATGGATGGTTGCAAAACTGTACTGGTC

Explanation	CPC Score
noncoding (weak)	-0.992698

Transcript ID	Chromosome	Locus	Ref	Alt
Osa02LNT0159700.1	2	12904074	G	T

Transcript ID	Transposon ID	Chromosome	Strand	Start	End	Counts

Transcript ID	MiRNA ID	Inhibition	Expectation	Score	Binding Start	Binding End
Osa02LNT0159700.1	osa-miR2873c	Cleavage	5.0	17.218	1	21
Osa02LNT0159700.1	osa-miR6245	Cleavage	4.5	17.676	1	21
Osa02LNT0159700.1	osa-miR396c-3p	Cleavage	5.0	10.112	1	21
Osa02LNT0159700.1	osa-miR396c-3p	Translation	5.0	15.041	1	21
Osa02LNT0159700.1	osa-miR1853-5p	Translation	4.5	9.389	1	24
Osa02LNT0159700.1	osa-miR1879	Cleavage	4.0	15.63	1	24
Osa02LNT0159700.1	osa-miR5523	Translation	4.5	8.727	1	22

Transcript ID	Chr	QTL Gene	Character Major	Character Minor	Marker Interval1	Marker Interval2
Osa02LNT0159700.1	2	nan	Resistance or Tolerance	Drought tolerance	RG83	RG171
Osa02LNT0159700.1	2	qSS-2	Physiological trait	Sterility	RM301	RM263
Osa02LNT0159700.1	2	qPH-2	Morphological trait	Dwarf	RG324	RG83
Osa02LNT0159700.1	2	np2.2	Morphological trait	Culm/leaf	RM324	RM262

Transcript ID	Pre-miRNA	Identity(%)	Alignment Length	Pre-miRNA start	Pre-miRNA end	E-value	Bitscore

Transcript ID	Chromosome	Locus	Trait	Value	Plus Minus