>Osa02LNT0160700.1

ACACATCACGCCCTCACCCCTCCCCGTCGCGTCTTCAACCCCCGCCGGCGCCGAGTGCGCCGCTCGTCGCGCCGCCCACATCCACGGAAAATGATCGAGGCAATCGACGAGTACAGCGCCGAAGATCCGCTCCAACCATGGCTAGAGAGGGGATTGCTCAAGTCGGCTGGTGGTGATCTACGACCAGACGACGACCTCTACAAGAAGGATCTCCGCTACCTCAAAGTGTGACTGGAATATGTGAGTTCATGAATTCAGATTTGGTTCTGAGGTGGATTGGTTTGGTTTCCTTTTGACATCCAGCTTGTGTTTATCTTTTCATGCATGACGGCGGGGAATTGTGCTGATTCCTGGAGGCTAACCCGATCAGTCAGAGCCATACCAATTACTACTTGTGTAATGCGTTGGTAATATATTGAACCACAGGGTAATCTCTCTCAATAATTTAAATTGGCACAATTAAAGATGTTGGATTAATTGCATCAGTGTGACATCCATGATTTGTTTAGCACTCTGGGCAGTTTTACTGCAAATTTGTTGGTTCTTAACTCTGAAGAATATGTCTAGCTTAGATTGGATGTCTGGCCATTGGGGAGATAGACATAGCAGGATATGGTAGTGCATGCGTTCGCGAAAAAGGATATGGTAGTGCATGAATAATATGTTTAACTGACTATGATCCTACTGCTTGTATGTTCACATCAAAATTTTTCTTTCTTAAAGATCTGATAACGTGGGGGATGCATGTATGTTTGTGATATGGTTCATCAGTATGGATGCATCTTGTCACCCTGAAAGTATACGGTTGCCATCCATGGAATAAAGGGGTGAAGAAGATGGCAAGTGTCAATTTAGAGTGGTAATTTGGGAATCCATGTCGTATGCTTGTCTTAGGAGCTTATGACCCACGTAGACAAGCATGTGGCAATACTACAGTAGCATCTTGGCTTAATCATCTTATCAATTGGAGTATTGTGCATGAAAGTCAGATAAAGGTTTACGACTGAATATGATTGTGTGTTTAAGCCAAATATAATAAATTAATATGCTAATCTTAATTTATTTTCATGATTGTTGATTTGTAGGTAGGTATGCTTGCATTTTCTCCCGAGGGAAAACTCAAATAGTCTCAAATTTAGCTTACAAAACAGGAATTGAAGATCTATGATTTCTCCATTTTTCTTTAAATTAAAATCTGTTTTGCAGTTATGAGAAAACAAGGCCATTTGTTATTCTTATGTACGAGTACAACGCTTTGGCAGCAAATTTCTTTACTTACAGTTTCACATCTTACTTGGAGTGCACTGTATAGAAAAATATGATTCAGATTGCATTTCCCATTAAGTATACGCTTCAATAAGCAATTGCGAGGGATGACCTTTGCATCCTTCTAGCTATTTATTTTCCACTTAAGTTCTATGGAGTATCACATCATGTGTCAGTTTTTGATGGCATGCCATCGACGAAGCCAGTCGTGCCTTCTGCTTGAACACAATGGACATTGCCTCCCCACTTGAACAGACCAAATCTGGAACCTCTGCCTTCATGGACTTCACAGCTCGACAATTCCATTCTCCAAAATCTGTTGTACAGAGCAACAAGTGCAAGACATCACCCTTAATGTTCAAATATATTATGCAATATAGCCTGATCACTTAATGTTC

Explanation	CPC Score
noncoding	-1.11376

Transcript ID	Chromosome	Locus	Ref	Alt

Transcript ID	Transposon ID	Chromosome	Strand	Start	End	Counts

Transcript ID	MiRNA ID	Inhibition	Expectation	Score	Binding Start	Binding End
Osa02LNT0160700.1	osa-miR5814	Translation	5.0	21.032	1	24
Osa02LNT0160700.1	osa-miR166i-5p	Cleavage	5.0	14.71	1	21
Osa02LNT0160700.1	osa-miR2120	Cleavage	4.5	14.166	1	24
Osa02LNT0160700.1	osa-miR2875	Cleavage	4.0	14.709	1	24
Osa02LNT0160700.1	osa-miR5145	Cleavage	5.0	12.279	1	24
Osa02LNT0160700.1	osa-miR5486	Cleavage	5.0	17.275	1	21
Osa02LNT0160700.1	osa-miR5510	Cleavage	4.0	16.756	1	21

Transcript ID	Chr	QTL Gene	Character Major	Character Minor	Marker Interval1	Marker Interval2
Osa02LNT0160700.1	2	d50	Morphological trait	Dwarf	nan	nan
Osa02LNT0160700.1	2	qPH-2	Morphological trait	Dwarf	RG324	RG83
Osa02LNT0160700.1	2	np2.2	Morphological trait	Culm/leaf	RM324	RM262
Osa02LNT0160700.1	2	qSS-2	Physiological trait	Sterility	RM301	RM263
Osa02LNT0160700.1	2	nan	Resistance or Tolerance	Drought tolerance	RG83	RG171

Transcript ID	Pre-miRNA	Identity(%)	Alignment Length	Pre-miRNA start	Pre-miRNA end	E-value	Bitscore

Transcript ID	Chromosome	Locus	Trait	Value	Plus Minus