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RiceLncPedia: a curated knowledgebase of rice Long non-coding RNAs
Sequence

>Osa02LNT0163100.1

TGTCCTCAGCTGCCTGAGATGAATTCATTTGCTCTAGAGATACAGGTAATACATGAACAAGCCTAAATCCAAGAGGTTTCCGTACACGGCCATAGGTATTACTTACAGCAACCACAACCTGAGAAGGTGGCACACACCTTGAGGACACACAATCACCCAAAATAACATAATTTGAAGGAGCTTGTGGCCTCCAAAAGGTGAGATTGTACCCAGGCAACTCACCATTAGGTGATGTCCAAACTCGCTTAAAGTTAATACAAGAAACCAATGGGTTATTATTGCCAAACTGCAATGCAGCAAGAGTTTGATTTTGCAGTTTGAGCAAGAGAGAAGCCACACTCAGAGAAAGATGAATGTATACATCAGTAGATGCAAGTACTATGTTTGTCTTTTCACTGACAGAAGTATATTTCCATGAAACATCAACAGGTTCAAGAACAAGAAGACCAGAGCCAGCTTCGATCGTAAGGTCTTTAACAACTGATCGAGCCCATATGTCTTTTTCCTTTGAGGCATACATGAAACTGAAATCCATCTTGGCGCGAAGAAGCTTCTCGATGTGCAAGGAATCATCAATTGATAACTTTGAACTGTCGTAAAAGGTAAATTCTGGGGATACAACCTGAGCCTCAAATGTAAAATTCAGCATTTGGGCCGAGGGGGTATCTGCACCAGGCTGAAGAGCATTAATTCTCTTATATTCTTCATTTTGCGTATTATCATCTTCATTATCATTTAGAGAACTTTCTAATACTGAAACTTCAACGCCATCTTCAGCAGAAATTGAGTAGCTGCTTCCAGCATTCAAATATACACACCTCCGCAGTAATGCACCGTTCTCAATCTTAACATTTTTGAATCTAAGTTTTTTGCCCCGCCCCAAAATAATTATAGTCCCTGAGTATAACTGGCCCTTCTTGTCATATTCGTCACATAAAGATATGGTGCCTCCACAGCCATCGTAAGTGAAATCATCAATATCGCAACCATCAACTATTAGCTGCCTCCCAGGAGATAGTTGAATAAAATTCTCTCTCTGGAAGAAAACAGGCTCACAAAGTATGATGTCATCTGACTTAATAAGAGGATCATTCTTTGGATCTAGACTTTCCTCCCGGCCGGTTATTGTGCCTAGATTTGGAACAAAAAACTCAACAACAGGCAGCAGAAAATCCAGGACAACAAGTACACGAGGTTCCTGAATTCTTATAACAAATGACTGAAAGGAAGAACGCCATCGATAATCCAATATCACCATGGTGAGGTTGGAAACCCCCACATCAGATGAAGGGTCCTGAGTACTCAGCTTAGAAGTCTCAGAATAAGATCCAAGCATAAGGCGCATCTCGGACTTTGTATCTGGACGGATATCATGGATCAAGAATTTTAGTATAGACAAATAAAGGTCCATCTCAAATAGTGAAGTTGTCCTATAAGAAACCCATAAACCTTCCAGCACAAGCTCTGCTAGAGGTGACTCAGCATCTGGACCATTGCGAAGCTCAAACAATGCATACTGGACATCCACAGTCATTACTACAACAGTACGCGATAGTAACAAATGGTTGTTGAGATTAACTTTATCTGCAAGTAGACGAATTGAATCTTTTGTCCGATTTACATTATCACGGAAACCTGGGGGGAGGTTGGGCGCTTCTGATAGGTTTGTCGAAATGCAACTTGTGATGACATTGTATTCCTTATCTGACATGATACCATGGAGCAACCCTATCTGAAATTTCATGCAGAGCATCGGGACCCTTTTGAAAACATCCCGCAAGCTACGTCGCACTTCTATATTGATGCCATGACCTTCTCTAATCATACTCTTTCCTAGAATACCATTGACTCCAACCGCCATGTTGATTCCATTAATCTCTGCTTGAAGAATATCAAGGCGTACAGCAGAAGGATCACTCTCTTCACCTCCACGCCAGCAAAAACCATTCCTAACTTTCAGTTGTCCCAGATCCAGTTGTATATAGTCTTTGCTCTGGGAGTTCTTTGGAACAATAATTATGGGTGTGTCAAGTGAAAGATCCAGCTTTATAGCAGAAGCACCATCTATTTCATATTTCTGAATCAACCACTCGAAACCTCCAACTTTGTCGATGAACTTGATTGCTTCTTCAGTGTGAGGGGTGGCAAGCTCCATGAAGTAAGAGGTGAACTCCTGAACAAAACGATAAAGGAATACAATTCGCACAGCAGAAAGTTGCCCAATCAGACTATAGTTGTAACCTTCATAGTCATCATCGTCAACGCTGTAAGACTGGAACGCAAACTTTATAAGAGATTCAACACCTGGTTTCCGTATATCACATAGCCAACCCCAACGATGTTCTGGCCCAAGAGACATGTCACAAAATCTCATATTACCCAGCATACCATCAATTGAAAATGAACCTGGATGAACCTTCAGATCAAACAGAAATTTCTCCTGCACAAACATCGCAAGCTGAGAACCATCTTCCTTGTTAAGAAACATAGATACCCGATCCACATCCATCTTCATGTTGAAGATAGTTCGGCGTTTTCCATAGCCTAGCAAACCTTTAACAAAATTGCGAGCATTATCTTCCATCCCTGTAGGTTTGACGTTGCGTACTGCAGGTGTTGTATCAGAGTCACCCTTTGGGGCAGAATTAACCATGCTAAGATCAAATCCAAACTCAATCAGAGCAACAAGAGTTGGTCTGTTACAGTAGAATTCCAGTGCAGACATACGGATACACATCTGCGAATCTATACCATCATAAAGACAAGAATCAGGAGTCCTGGTCAAAAATGTAAGGACAACAAAATCGTTAATATTATTGTCTTGTGCCTCGTAAAATACTTCCGTAGGCTTCACTTTCTGCTGATCCCCATCAAAGCTTAAACCATCTTTCGAACTTAATTGAGTATGCCCATCTGGATCAAATATTGAGTTGGAAGGAATTTCCAAATCTTGAAGATTTGGACTTTGGTCAGGAGTGAAATCTGTCAGCGCATCCATGAAAGAATCTTCCTCAACAGAGAAGGATTTTCGATGATCCTCCTCATCAGGTGAACTAGAATCTACAGTTTCCAAATTGTCATTGATAACAGAGCATGCTAGATAATTTGAAGACATAGAGAGACGACCCTGAAGCTCATCCTTTATCTTCAAAGAATGCAGTTTTGTTTTTACACTCAAACCACGAGAAGATTGAACAACATTAACCTTGCCTCCACTTCCAAGGAGCTCTAACATTACAACCTCTTCTGGATCTTTCTTCTTCCTGTCCAACTTTGCATACAGCGAAAGCTTCGTTTCAACCACAGAACCATTCACAAGAAGATCCACTGATCCCAAGCTGCTCAGCCTTGGAGTGCTTGGTTCTGTTGTACTGACAGGGTCTCCTAGTATGTTCACTTCAGGAGGGGCAGAAGCTTGATATGTTGCTTGGACAAGCGCTTTCATCCAATTGGCCTTCTCGATTTCATTATGGTATTCAATTATCAGTGTGCTAGTTGATTCCAGCGCCTTCTGCATGTCCACACCTCTAGAACACACAGCAATACTGTAAAGAGACCCACCAACACTAGTTGATGGAACCTCAATTACTTGACGGCTAGCCATGCTACAACACCTTTGGTAATCCTGGGACACTTCAGACTCCAAGATGTACAGATACATCCCAGATAATACAACATAACTTGTATGCCATTCAGCTAGCGAATAACCAAGACCCTTCCAAACCAATGTTCTAGCATCACCAGCTAGATCAGCAGGATACCAAGGTGCCAGGTTACAATTTTCACAGCTATCAGAATCTTCACTATCACTTCCCTTCAACTTGCAAAGTACACCAAGTAGTTCAACAATCTTGCCGTATCTTTTTGGTGAGAAGTGAATATCCAGATTCGGCACTTGAAAAGAAACACGAGTTGATGGATAACTCGGGTGTGGAACTTTGATCTGATCAATTATCACTGACATTCCACAACGATCTAGAAGAGAACAAAACTGATTAGCATCAACAGTAGGACCTGACAGCACACGCTGATTTTCTGGTACAGAATATATGTCTTCAGCTGTATCACAAACAACAAAAGCAGCCATATCCCTCCCAGCAATATAAAACCGTGAATATAAACTGCGTCTTTCCTCTTCACGTGTGCCGTCCCTTGTATGCAACGTAAAATGGCCTAAATCCAGAACAAAATGTTCATTCCCCAGCAAAGGTTGACAAGTGATTAAAGGAATCCTAACTTTTGGTGCATCCAAATCAATATCAAGTCCAAAACTGCTCTGCTCTTCCAATACCATCTGAAGCTGCTCCTGAGCTCTACGTGTGACCTGCTCTATCTTCATCTGTAGAGCAGTTGCTGTTTCCATGGTTACTGTTGGGCTAACAGCTTTGCTCCGTTTAATGAACTCTAGAAACCGTTCATAGCTTCCCTTCAAAACCGTAACATGGCATGGTGATATCTTTGCCACGAGCTGCCAATCCAGGTCCAAGCCGACAGGCGCACGCACAAAACTGACATCTAGAGCATTACTCTTTCCCTCACTGACAACACTCTGAGCAAGAGAACCTTCAGGAGAAGACAAACCACAATATCTCAAAGTAACATCACACCGCGTACTCTTGGGATACAATTTCGTGACCACTTGAAGTTTCTCAAATCTACCACACAAAATTTCTGTCCGGTCAATATTGATGATCCTTGCAGCAGCTTGGCCAATAGACACATCCACCAAGAATCGGGTTGTATTCGGGGAGACTTTTTCAAGGGGGGAAGACAGATCATCTTCTGGTTGGTAACTCAACAGCTTATTAATGGCCTGCCATTCTTCTTTTGTTAATCTCTCCTCCTCATCTAACTGCGGTTCTAGAAGGGCATTCTCTTCAGAAGGTAATTCAGCCGAGTTCCATCCAAAAGTCCACCATCTTCTCTTTGATGCCCCCTTCTTATGTAATATTTCCTTTGATTTCACGGTCTCAACTTTAGCATGTCCCAACAACCTCCAAAGTATTATGACTTTTGTGTCCAGAATTTTCTCTATCTGCCGAATTTCGGACATATCAACATTAGATGCTTGTTGCAATAATGTGGCATACAAGTGAACATAGCGTCGACGAAGCTGGCAGAGATGCCTAGTTCTCTCCCATGAGAACCAATAGCATAATTTTTTCTGTCGCAGACCAGCCAGCACAGCATAACGCCACCAAGCACGGCAATCCACTTTAACTGGCACAATAGGCCGTAAATGGGACACGTCAACACGTGTCCTGAACCTTGAAAATGTTTCCAACAGTTTAATGCCATCATAATACTGGGCCTCAGTAACAGTTAGTGAAACATCACTAAGAACAAGTGATGCTTTCTCTAAAGGGATATCTGGACCCCCTCTCTCCTGCTTTCCAAGTCGTTTGTAGTTAAGAGTTCCATTTATAGGGTAAACTAAATAGTTCCTATTCATTGCCCAAACAGAATTGCCAGAATGATCATCAATGCCATCTTGAAATATCTCGCCCCATTCAGTAGGATTTAGATCTTCCCATTTCTTAGCAAGCTTCCACGCGCTGCTGTCAGAATCATGGTAGATGGCTAGCCTATGCAGTTCGACCGACTTCCGCAGCTTATCTAATGCTACACCAGCATCAAATGTCTCGTTACCGTCTTCGTCGACTGTAACGGCTGCAAGTCTTGACAACGTGAAGCCAGATGCAAATGGATGCCCAGAATTGCTGACAGAATCTTCATATCTGATATGCACGTTGCTGATGGTGACTTTAAGGTTTCCAATAATTGTTGATATTAAATTGTATAGCCATGAATTACTCCCTGGTACAGGTCCTCCTTTCGAGCTCCTACTTGTTGCTTCAAGAGTTGCTGCCTCTGCAGCCTCAATCTGCTGAAGTTTTGCTTCAAAAAGTTTCTCTCTATCTTCTTCCTTCAGAGTCTGTCCATCAGGGGCAGGATGAGCAAGAACAAACAGACGATCAATAAGAACAATAACTGGCTCTTTACCCAAGCTTTTCCATGGAACCTTTAAAGTTATGGTGCCAACAAACCCAGCTTTCACTGTTACTGGAAGCCGAAGAGAATTCAGTGCATCAGCCTTCAATTTTAGGTCTTTAAGAACAACGTCACCTTGCCAAACACTTATCCGGAGTGTTTCAACAGAGAGCCCTTCAACATATTCGCCCAA

Coding Potentia
Explanation CPC Score
noncoding -1.01323
Genome Browser
Expression
Variation
Transcript ID Chromosome Locus Ref Alt
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Osa02LNT0163100.1 2 15945609 G C
Osa02LNT0163100.1 2 15946108 T C
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Osa02LNT0163100.1 2 15951098 T C
Osa02LNT0163100.1 2 15952060 A G
Osa02LNT0163100.1 2 15953554 C T
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Osa02LNT0163100.1 2 15954455 A C
Osa02LNT0163100.1 2 15954577 C T
Osa02LNT0163100.1 2 15955746 T A
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Osa02LNT0163100.1 2 15956814 A C
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Osa02LNT0163100.1 2 15958865 G A
Osa02LNT0163100.1 2 15958869 T C
Osa02LNT0163100.1 2 15960796 A T
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Osa02LNT0163100.1 2 15962161 A C
Osa02LNT0163100.1 2 15962231 G A
Osa02LNT0163100.1 2 15962954 A G
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Osa02LNT0163100.1 2 15973483 C A
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Osa02LNT0163100.1 2 15947283 C A
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Osa02LNT0163100.1 2 15948774 T C
Osa02LNT0163100.1 2 15949043 G A
Transposon
Transcript ID Transposon ID Chromosome Strand Start End Counts
small RNA targets
Transcript ID MiRNA ID Inhibition Expectation Score Binding Start Binding End
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Osa02LNT0163100.1 osa-miR5530 Translation 4.5 20.387 1 21
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Osa02LNT0163100.1 osa-miR169r-3p Cleavage 4.5 11.847 1 21
Osa02LNT0163100.1 osa-miR1854-5p Cleavage 4.5 9.622 1 21
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Osa02LNT0163100.1 osa-miR5506 Cleavage 5.0 22.821 1 21
QTL
Transcript ID Chr QTL Gene Character Major Character Minor Marker Interval1 Marker Interval2
Osa02LNT0163100.1 2 d50 Morphological trait Dwarf nan nan
Osa02LNT0163100.1 2 qPH-2 Morphological trait Dwarf RG324 RG83
Osa02LNT0163100.1 2 np2.2 Morphological trait Culm/leaf RM324 RM262
Osa02LNT0163100.1 2 qSS-2 Physiological trait Sterility RM301 RM263
Osa02LNT0163100.1 2 nan Resistance or Tolerance Drought tolerance RG83 RG171
pre-miRNA
Transcript ID Pre-miRNA Identity(%) Alignment Length Pre-miRNA start Pre-miRNA end E-value Bitscore
GWAS
Transcript ID Chromosome Locus Trait Value Plus Minus
Osa02LNT0163100.1 2 15947283 Lemma-and-palea-pubescence 8.648025513 -