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RiceLncPedia: a curated knowledgebase of rice Long non-coding RNAs
Summary
Sequence
Coding Potentia
Genome Browser
Expression
Variation
Sequence

>Osa02LNT0164100.1

TGGAAATTCATTGTCATCTTCTATCACCTTGAACGGCTCTCGGTGGCGACCGGAGCAGTACAGGTTCCACATCTTGTAGTACGCACGTTCAAGGTTGCGTACCCATCTAGCTGTATCAAATAATGGGCAAGTCATACGGACTTCCTTCAACTTATTAGTCAGAGCTTGAAGTTTTGCCGGATTTAGTGCAAGGTCTACTGCCCTATCTTCATACTCTTTCATACTGCTGACAATCATCTCTTCCCCTAGCCCGGTGGCTAGGCAGAGGGAACCAGCTACTCTGGTTGCCATTTTCTCCAGTGGAAGGGTTATCATTGGTAAACCAGCCCACAATATGTCTGTCCCAGTTGTGTGCGCATTGCAGAGAGGGGTGTCCAGGAAAAGGTCTGCCAATGAGCTGCGTCTAATATGCTCATTTTTCATAGCAACATCAGTGAAGATGATCTGGTCGGGTCTGACTCCTCTCGCAGCAGCATGTGCTCTTACTCTAGTTTCACCTGCTGCTGGGAACCTTAAAAGCCATAATGCACTGTTCGGAACACGTTTGAGAATATTGCACCATGTATCAAATATTTCTGGATCCATCTTATAAAGCTGATTAAAGCATGCAAAGATGAACTTATCCTCGGGTAACCCATAATCTGATCTTTTATGTGGGCATACAGGATCAAGACAATCACGATTTTTCTGCTTGTAGTCATTGACAAAATAACAATGAGGCAGATGGACGAGTTTCTCAGAATATATGTGTGAATAGCAAGTTGGCGAAACAAACTCATCTGTAACTAGGTAGTCTATATATGCAGCCCCAGTTGTGCCTGGAAACCCCATGTACGAAACCTGGATGGGGGCTGGTTGCAGTGCAAAAATTTCATTCCTGGCACCCTTTGTGTAACCATTAAGGTTTATTAATATTTGTATTTTGTCTTGATTAATGATTCTGGCAATCATATCAGAGGTCATGGCAGACACATCCACAAAATGCTCAGCCTCAGACTGAATACGCTGCCTCCATTCAGTACCATCATTTTGACTCAGCGCATAGCAGAAGACCTCAACATTGTCACGGTCATGCATTCCAAATACTGAACCCATGAGATGGGAGAGGGGATGATTCCCAAAATCGCTGCTAACATATCCAACCCTTAGTCGACAGTGTTTACCCTCTGCTTTGACAGGAACAGGAGGGGGATGCACAAAGGACGGCAATCCAAAACGAGAGGCAATCAAGGAACAATGAGCAGCATATTTACAGCTTATCTCTAGTGCAAGCATGGGATCAATAGGATATGCGATGGCATGGAAAGGTTGCACGCTTGGAAGTACTGACATCTTTATTTGCTTTCTGATAATTTCTTCAACATCGCGAAACATGGCATTCCTGTTTTCCCAATCACACACACACTGTAAAGTATGCAAAAGGTTGCAGGTTGCTTCAGGAAAATCAGGACGCAAACGAAGAGCCTGTTTATAGCTAACTATAGCCGTTTCAACATGTCCACTGTCTTTATAAGCTGAGGCTAAGTTGGCATGGGCTTCTGCCATGGTTGGCCTGATTGTTGCAGCCTGAATGTAGTCCTGAATTGCTTCATTGACTCTACCGATCTCCTTGAATGTGTTCCCTCTATTAACTAGTGCATCAGCTGCAGTAGGATCTACCCGAAGTACTTCAGTATAACATGTGATAGCATCAGCATAGTTTCCCTGTTGCTTGTATATCACAGCCAAGTTGTTCAGAGGAGAAGATAACCCAGATGTCACAGATATTGCTGCTTTGTAAAATGAAGCAGCCGCACTTATCAGGTTCCACTCCATATAAATATTTCCTAGGTTAGTAAGAGCTTGTGGATGGTTTGCTTGCAGCGCAAGGCATGATCTGTAGCAGTTAATTGCTTCTTCCACTCTTCCAGCATCTTTAAGGGCATTGCCCATGTTATTGTATGCTTCAACAAACTGTGGATCGCAGATTATAGCTTGATTGTAACAACGAATTGCTATATCAAGCTGGCCTTGCTCATAGTAAATGGTAGCAAGATTACCGTAAGCCATTGCATAGTCAGGACGTGCCTGCACCGCACGCTGATATGATATAATGGCTTCTTGAGACATTCCCATGGTCTTATAAACATTCCCTTGGTTAAGATATGCATCAGCAAAAGATGGCTTAAGTTTAACAGCTTCCTTATAATATAGTAAAGCTTTATCCAGATCCCCTGCCTCCATGAACAGGCCAGCAAGATTCGACCATGCGATCGCAAATTGTGGATCTATGCGTAGTGCTTCAATGTAACAATTGTATGCCTCCTGAATAAAACCTTGGGCCTTCATCAGATTACCAAGATTGCTGTGCGCATCAACCAATCGAGGGTTGATTGCAAGTGCTTGTCTACAGCATTGAGCTGCCTCATTTAATCTTCCCTTCCATGTATATGCACTAGCAAGATTTGACCAAGCATCGCAAAAGTTTGGTCGCAGCTGAATGGCGGTTAGATAGTAACGGATTGCAAGATCAACATCACCCTTCTCCTTCCATGCATTGGCCATGTTACCATAGCACTCTGCAAAGTTTGGATCAATAGCAAGAGCCTCCTCATTCTTTGCAATACACATATCATAATTACGTATCTGATAGTAAATAGCTCCAAGAAGAAGCAGGTTATCTGTCCGCCGTGGATTCTTCTCATAAACGATGTTACCATGCTCTAATGCCTCTTTATACTTTCCAGACCGGTAATTTTGATGTGCAAGTGCCAAATGCCGTTCTACATCAACAGCCCCGAGCTGCTTGGGCTTGGGCTCGGGCTGGGCCTGGGCCCTGGCGTCGACCGGCGGCGCGGGCGGCAGCAGGAACGAGGCTGGCGACGAG

Coding Potentia
Explanation CPC Score
noncoding -1.21192
Genome Browser
Expression
Variation
Transcript ID Chromosome Locus Ref Alt
Osa02LNT0164100.1 2 17048985 A G
Osa02LNT0164100.1 2 17047369 A G
Osa02LNT0164100.1 2 17048412 G A
Osa02LNT0164100.1 2 17049601 T A
Osa02LNT0164100.1 2 17050067 A G
Osa02LNT0164100.1 2 17050118 T C
Osa02LNT0164100.1 2 17051825 C T
Osa02LNT0164100.1 2 17052861 A G
Osa02LNT0164100.1 2 17053122 C G
Osa02LNT0164100.1 2 17053169 G A
Osa02LNT0164100.1 2 17053830 T C
Osa02LNT0164100.1 2 17055646 G A
Osa02LNT0164100.1 2 17055866 T C
Osa02LNT0164100.1 2 17055923 T C
Osa02LNT0164100.1 2 17056162 A G
Osa02LNT0164100.1 2 17056780 G A
Osa02LNT0164100.1 2 17058390 C T
Transposon
Transcript ID Transposon ID Chromosome Strand Start End Counts
small RNA targets
Transcript ID MiRNA ID Inhibition Expectation Score Binding Start Binding End
Osa02LNT0164100.1 osa-miR5534b Cleavage 4.5 16.058 1 21
Osa02LNT0164100.1 osa-miR5816 Cleavage 5.0 12.525 1 24
Osa02LNT0164100.1 osa-miR5816 Cleavage 5.0 16.621 1 24
Osa02LNT0164100.1 osa-miR5143b Translation 5.0 18.514 1 24
Osa02LNT0164100.1 osa-miR156f-3p Translation 5.0 22.203 1 22
Osa02LNT0164100.1 osa-miR156h-3p Translation 5.0 22.203 1 22
Osa02LNT0164100.1 osa-miR156j-3p Translation 4.5 22.203 1 22
Osa02LNT0164100.1 osa-miR156l-3p Translation 5.0 22.203 1 22
Osa02LNT0164100.1 osa-miR1870-3p Translation 5.0 18.264 1 24
Osa02LNT0164100.1 osa-miR1880 Translation 4.5 22.744 1 24
Osa02LNT0164100.1 osa-miR1863c Cleavage 5.0 11.548 1 24
Osa02LNT0164100.1 osa-miR395x Cleavage 5.0 19.518 1 21
Osa02LNT0164100.1 osa-miR5143a Translation 5.0 18.514 1 24
Osa02LNT0164100.1 osa-miR1319b Cleavage 4.0 9.64 1 24
QTL
Transcript ID Chr QTL Gene Character Major Character Minor Marker Interval1 Marker Interval2
Osa02LNT0164100.1 2 d50 Morphological trait Dwarf nan nan
Osa02LNT0164100.1 2 qPH-2 Morphological trait Dwarf RG324 RG83
Osa02LNT0164100.1 2 np2.2 Morphological trait Culm/leaf RM324 RM262
Osa02LNT0164100.1 2 qSS-2 Physiological trait Sterility RM301 RM263
Osa02LNT0164100.1 2 nan Resistance or Tolerance Drought tolerance RG83 RG171
pre-miRNA
Transcript ID Pre-miRNA Identity(%) Alignment Length Pre-miRNA start Pre-miRNA end E-value Bitscore
GWAS
Transcript ID Chromosome Locus Trait Value Plus Minus