\
RiceLncPedia: a curated knowledgebase of rice Long non-coding RNAs
Summary
Sequence
Coding Potentia
Genome Browser
Expression
Variation
Sequence

>Osa02LNT0164500.2

CCCCACTATGCCATCCCAATGCAGCATTGCACACACTGCCACCCCAAACAGCAGTTATAGACACGAATCACCGTGATGTTCATCAGTCACCACCCCGGTTAGCTACTTTGCTTCAATTATAAAAAGGAGATAAACCATTCTGGTTCTGGGTATCGAAGTCTCCAGGCAAAATGTGAGAACATCTGTGGACTCAGGGAACCAGAGGCTCTTTGCAAAAAGTGAGACGCCTTGGACAAAACGTGTAGGAGAGGACCAGGGCGCCTTGCCCACCTTGCAAACACCCATGCTGTTCACCTAGCCTCTGTGCTTGCAGATGCCTTCAAGGACGCCAGAGCTTCCCGTAATGCATCCTCCATCTCAGAGTTCCCTGGATCCAACTTCAATCCATCGTAAAGTGTTTCGCAAGCACTCTCGTAGTCCTTCAGTAGCATCAGAGCAGCACCCTGTCGGTAGTAGGCCTTTGGCCAGTCAGGCCGCAATTTCCTGCATTCATAAGCATCCAACAAAGCCTTGCCTCCATTACCCATGTGATGCCAGCAAAGGCTTCTATTTGAGAACAAGGTTGCATCATCAGGGTAAAGGTCCAGTGCCTTACTGTAGAATCCTGTTGCAGAAAGATAATCCTTTTTCTCGACCGCCTTATTCCCCAATGACTTTAACTCTGTTGCTTTCCTTTTACTGACAGGCTCACCATTATCAGAAATGTTACGGTTGGCACCAGTCTCTTCCATTGAGTAATTGCACTCATTTGAGCCACCCTTTGCAGCAGTTGAGATGCAGTCTCCACTGACAACAGCACCAGCCTCAATCAGGAGGTTTACACATTTCAATTCACCAGCAGTTATAGCAGTAGCTAGAGGTGTCAGATGACCATCTACCATCTTGTTAAAATCTGCATTGTGGTCCAATAAAATCTTCATAGCACCATCTTTCCCTTTACTAGCAGCAACATGAAGTGGTGTGCCACGGTTTGCGACTGTGTCCACACAAGCTCCTTTTGCAAGCAATAGCTGTACTGTTCCACAATCTCCTAAATGAGTGGCGTAATGTAGAGGGGTGCGCCCATCATGGCTGGCTTTGTTTACGTCGGCACCATGATCAAGAAGATACTTGACAGTGCTTAAATGTTTACAAAGTGTTGCAATAATCAGAGCAGTTCTACCTTCCTGGTCAGCGTCATCCACGTCCAGCCGCAGCTCCTCGACGAGGTAGCGGCACACCTCCAGCCTCCCTTTGCCGGCGGCGAGGTGCAGCGCCCCCATCCCGCCCATCGGCGCACCTCTCACCCTGGCCGCCTGCACCGCCTCCCCGATTCGACCCCTCCCATCATCCAGCAACGTCGCCATCCCCCTGACGATGTAGAGGTCCCCGTTGTGAGCCGCGTCGAAGAGCAACTTCTCCACCATTCC

Coding Potentia
Explanation CPC Score
noncoding -1.16829
Genome Browser
Expression
Variation
Transcript ID Chromosome Locus Ref Alt
Osa02LNT0164500.2 2 17271789 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17271700 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17318615 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17282018 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17271538 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17330254 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17330661 G C
Osa02LNT0164500.2 2 17331004 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17331668 C G
Osa02LNT0164500.2 2 17331979 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17274162 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17274271 A C
Osa02LNT0164500.2 2 17274884 T G
Osa02LNT0164500.2 2 17276185 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17276301 A C
Osa02LNT0164500.2 2 17276716 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17276826 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17277277 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17277463 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17277511 T A
Osa02LNT0164500.2 2 17277772 C G
Osa02LNT0164500.2 2 17277857 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17277909 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17277939 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17277972 T A
Osa02LNT0164500.2 2 17278357 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17278547 C G
Osa02LNT0164500.2 2 17278694 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17279811 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17280644 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17280694 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17281370 C A
Osa02LNT0164500.2 2 17281583 A C
Osa02LNT0164500.2 2 17281885 A T
Osa02LNT0164500.2 2 17282044 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17282293 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17282340 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17282733 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17282920 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17285572 G C
Osa02LNT0164500.2 2 17285602 T G
Osa02LNT0164500.2 2 17285618 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17286183 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17286750 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17287896 A C
Osa02LNT0164500.2 2 17289185 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17289204 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17291776 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17291865 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17292465 A C
Osa02LNT0164500.2 2 17292743 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17292905 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17293559 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17293625 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17293807 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17293849 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17293904 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17294357 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17294510 G T
Osa02LNT0164500.2 2 17281305 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17294812 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17294989 T A
Osa02LNT0164500.2 2 17295065 T G
Osa02LNT0164500.2 2 17295761 A C
Osa02LNT0164500.2 2 17296317 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17296965 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17296968 A C
Osa02LNT0164500.2 2 17302530 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17302637 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17302868 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17303808 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17303903 G C
Osa02LNT0164500.2 2 17304044 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17304152 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17304286 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17304553 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17304698 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17304993 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17305204 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17305349 T G
Osa02LNT0164500.2 2 17306049 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17306110 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17306135 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17306141 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17306198 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17306246 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17306254 G C
Osa02LNT0164500.2 2 17306537 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17307039 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17307149 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17307805 T A
Osa02LNT0164500.2 2 17308044 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17309740 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17310399 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17310456 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17310820 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17311074 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17311450 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17311497 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17311662 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17313024 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17313241 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17313494 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17314311 A C
Osa02LNT0164500.2 2 17314672 T G
Osa02LNT0164500.2 2 17315104 T A
Osa02LNT0164500.2 2 17315466 G C
Osa02LNT0164500.2 2 17315960 A C
Osa02LNT0164500.2 2 17316235 C G
Osa02LNT0164500.2 2 17316482 A C
Osa02LNT0164500.2 2 17316567 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17316945 A T
Osa02LNT0164500.2 2 17317177 C A
Osa02LNT0164500.2 2 17317947 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17318225 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17318515 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17318692 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17318882 T A
Osa02LNT0164500.2 2 17319106 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17319142 A C
Osa02LNT0164500.2 2 17319615 A C
Osa02LNT0164500.2 2 17320424 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17321019 C A
Osa02LNT0164500.2 2 17321079 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17321139 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17321250 C A
Osa02LNT0164500.2 2 17321395 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17321554 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17322272 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17309332 A T
Osa02LNT0164500.2 2 17322585 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17322823 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17322983 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17323039 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17323267 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17323623 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17323715 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17324591 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17324830 T A
Osa02LNT0164500.2 2 17325953 G C
Osa02LNT0164500.2 2 17326319 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17326387 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17326410 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17326413 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17326448 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17326451 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17326664 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17326821 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17327456 T G
Osa02LNT0164500.2 2 17327627 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17327782 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17327790 A C
Osa02LNT0164500.2 2 17328497 A C
Osa02LNT0164500.2 2 17328702 G C
Osa02LNT0164500.2 2 17329211 A C
Osa02LNT0164500.2 2 17329761 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17330114 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17332174 A T
Osa02LNT0164500.2 2 17332224 A T
Osa02LNT0164500.2 2 17332890 A T
Osa02LNT0164500.2 2 17333417 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17334126 A C
Osa02LNT0164500.2 2 17334481 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17334462 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17273006 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17280528 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17281275 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17286956 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17296108 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17307804 T A
Osa02LNT0164500.2 2 17308257 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17316219 C G
Osa02LNT0164500.2 2 17323169 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17332903 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17290482 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17283322 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17283433 G A
Osa02LNT0164500.2 2 17290395 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17290612 G C
Osa02LNT0164500.2 2 17290695 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17291393 A G
Osa02LNT0164500.2 2 17291453 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17272981 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17273810 T C
Osa02LNT0164500.2 2 17291722 C T
Osa02LNT0164500.2 2 17334197 A G
Transposon
Transcript ID Transposon ID Chromosome Strand Start End Counts
Osa02LNT0164500.2 DTM_#DNAt_MULE_japo_Os2471 Chr2 - 17290387 17291714 1327
small RNA targets
Transcript ID MiRNA ID Inhibition Expectation Score Binding Start Binding End
Osa02LNT0164500.2 osa-miR5534b Translation 5.0 15.103 1 21
Osa02LNT0164500.2 osa-miR159a.1 Translation 5.0 9.5 1 21
Osa02LNT0164500.2 osa-miR159b Translation 5.0 9.5 1 21
Osa02LNT0164500.2 osa-miR2122 Translation 4.0 20.912 1 22
Osa02LNT0164500.2 osa-miR812m Translation 4.5 12.688 1 24
Osa02LNT0164500.2 osa-miR5144-5p Cleavage 5.0 14.46 1 21
Osa02LNT0164500.2 osa-miR812f Translation 4.5 12.688 1 24
Osa02LNT0164500.2 osa-miR812k Translation 4.5 12.688 1 24
Osa02LNT0164500.2 osa-miR812l Translation 4.5 12.688 1 24
QTL
Transcript ID Chr QTL Gene Character Major Character Minor Marker Interval1 Marker Interval2
Osa02LNT0164500.2 2 np2.2 Morphological trait Culm/leaf RM324 RM262
Osa02LNT0164500.2 2 qSS-2 Physiological trait Sterility RM301 RM263
Osa02LNT0164500.2 2 nan Resistance or Tolerance Drought tolerance RG83 RG171
Osa02LNT0164500.2 2 qPH-2 Morphological trait Dwarf RG324 RG83
pre-miRNA
Transcript ID Pre-miRNA Identity(%) Alignment Length Pre-miRNA start Pre-miRNA end E-value Bitscore
GWAS
Transcript ID Chromosome Locus Trait Value Plus Minus