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RiceLncPedia: a curated knowledgebase of rice Long non-coding RNAs
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>Osa02LNT0174100.1

TGCAAAAGAGATTCAGATACCAAGTGATGCGTAATGTTTGGGCGTTTGTGAGTTGCAGGGCAAAACTACTAACGACAGCCACACAATTTTGGTAGCACTCTGACAAAAGTCGAGGGAGCCGCAGTATTATTTCTCATGTTCCTCAAGTCGATGAATTAGCTGCTACACATTTACAAGCGTCTATTTCTGTAGGCCTATAGAGAAGACATTAGCCCCATCAAAATGGCTACTAATCTAGCAATGAGAAGACCGGAATTCCCTTTGCATTGAAACTTGAGCATTTCACAAGTAGTTCTTCTCCGACCTCAAAATCCTTGTGTCCATTTTCCGCAAATTTATGCATTCCACGAACTCCATCACTCAACTCAAGTACTAATCCATAGGCTCGTATCTGGTAGACCTTTGCTGTAACTACGTCACCCAGCTTCATAGACCCAGACCTGAAGTTTGAGGGACTAGAATAGTTCATGATGTTACTTTTATTTTGTTCTGGAATGGCATCCAGCACATCATTTGAAGAGTCAGCTTTTTCTTTCTTATTTTTCTTGGCCGTTGTTGATGCACCTGAAGTTTTCTTAGCACTAGTTCTCTTAACTTCCTGCCTTTCGCTGGCTGGTTTAGATAGCTTAGGAGATGACTTTGCAACCTTTGGGCGTTTCTTCTTAGGATCATTTGTAACATCTTGCGCATCACATTCAGCAGCACTTCGAATTATAACTGCAGGAGTAGAACACCCAGGTGTCTCCTCAATCATGTTGTCTTCGTCTTTGCTGATGGATGGTTCAGCATTAGCATCCTTGCTAGGCATGTTCTCTACAGCCGTCCAGCCAACAACTTCTTGACTTGGCAAAGGATCAGTATGATTACTTGCTAAATCCTTCTTTTCATGGGCATGGGGCAGGGTAGCTTTAAGAGAAAGTTTAATGTTACCCCTCAAGTCCTGTCCAATGCATGTCAATGAGAGCACTTGGCCAACAGATACAACATCCGAGACCTTAGACACCTTATCATGTGACAACTCAGAAATATGAAGTAGACCTTGCTGTCCACCATTGAATTCCACAAAAGCACCGTACTCCTTTATTGAGGAAACAACACCTTTGTACGTTCTGCCAACTTCAATTTCACGACCCACAAGAAATTCTACCTTCTCGATAGCCTTATCCATAATTGGTTGGGTTTTTGCTACAATAGTGACTGTACCATCACTAACAGATACCCGTGCACCTGTTTCTTGCTCAATTTTTTTCCTGTGGAAAAGCAGTTTCCTAAGAGAATCACTGCTGAAGCTCAGTGTAGCTAATCGAGGAGAGCTCCCATCATTAAAAGCACGTGCAGAACTTATTTCCTGGTCCATACGGTCAAGGATTTGATTTCGAGCCTTTCGTGCAGGTTCCAAACTTTCACATATTATGTCCAACGGTATTCCAGCAGGTTTTATATCCAGTTGAATAGCAGTAATACCTCTCCTTGTTCCTGCAATTTTGAAGTCCATATCACCCAAGTGATCCTCAAGACCTAAAATATCCGTTAATATGCGATAACTAGAAATATCTCCAGTTGTCTGGTCCACTTCACTGACAAGACCAACAGAAACACCAGCCACATGTTCCCTTACAGGTATTCCAGCATCCATTAAAGCCATACTTCCTCCACATACTGATGCCATTGATGTTGAACCATCAGAAGCCATGACTTCTGAATTTACCCGAACTGTATATGGAAATTCACCTTCTGGGGGAAGCACAGCGAGCAATGCTTTCTCCGCAAGTGTGCCATGTCCAACTTCACGTCGATTCAAGCCCCCACGTTTCGCAACTTCATTTATTGAAAATGGTGGAAAGCTGTAGTGAAGCATGAAACGCTTTGTTGGAGGACCAACAATTGAATCCAATCGCTGAGCATCACCAGGAGCACCAAGGGTAACTGTACATAAAACCTGTGTATCCCCACGTGAAAACAGGGCAGATCCATGCAATATTGGATATGTGCTGGATTCACAGTAGAGTGGCCTAACTTCATCAAGTTGCCTGCCATCAACTCTAAGTCCTTTCTCGATTATTCTTTTGCGTATAACCTGTTTTCTCACTGTATCAACTGCCTTGTGAAGAAACTTCAAGCTGTCCTCATCGCATTCTTCTTCAAGCTTTGCTTTCACAGATTGTGTAATATTTTCCAAGGCTTCTCCTCGCTCAAACTTGCCGTATGTTGAATCAGTGAAGACTTCTTCAATGGGTGCTTCTGATAATGTTCTAATTTTCTCATAGGATTTATCTGAAATCAATGAGATCTTGTACTCTTTCTTCTTTTTGCCAGCTCTCTTAGCTAATCTAAGTTGTGGGTTGATGCATTTAACTGCCTCAGCGTGTGCAAGTTTCATTCCTGCTTGAAGATCCCTTTCAGTAATCTCACGAGCTTGCACATCTATCATTAATGTTTTATCACGAGAACACGCATAAACAAGGTTGAGGTCACTCAAACCTAACTCATCCACCGTTGGGTTCAGCACAAAATTTCCATCAATTCTTCCTACACGAATTACTCCAATTGGTCCATTCCAAGGTATATCCGATAGCATTAATGCAGCTGAAGAGGCATTTGCAGCCATCACATCTGGGTCTTGTTTTCCATCCGACGATATAACATTTACCATGATCTGGACTTCATGGTAAAATCCAGGAGGAAACAATGGTCGTATTGGTCGATCGATTATACGCCCACATAGAAGCTCCCTTTCCTTAGGGGCACCTTCCCTCCGCATATATGTTGTCGGAATAACACCTTGGGCATATTGTTTCTCTTGATAATCAACAGTCAGTGGGAGGAAGTCCCGGACGGGTTCGGAGGACTTGGCGGCGGCGACGGTGGAGAGGACATGGGTGTCGTCCATGGAGATCACGACGGAGCCGTTGGCGAAGCGGGCCATCTTCCCGGTCTCGAAGGAGATGACGCGCCCACCGATCTCGAACTCCTCGCGGAAGCTCTCCAGCACCTTCCGTCCCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGCGTCCGCCTGCGCGACCTCCTCGGCCGCGCCGGAGAGGAACGCCGCGCGGCCTCCCGGGACGGAGAGCGGCGCGGGGAAGCGGGCGCGGCGGCGGCCGCCGCGCGCGAGGAGGCGGAGGGAGGCCACCGCCATCGACATGGTGGCCGCGCGCCGGTGGAGGGGAGGAGGAGGAGAGGGGTTTTGGTTTAG

Coding Potentia
Explanation CPC Score
noncoding (weak) -0.0849597
Genome Browser
Expression
Variation
Transcript ID Chromosome Locus Ref Alt
Osa02LNT0174100.1 2 24534353 C G
Osa02LNT0174100.1 2 24534358 T C
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Osa02LNT0174100.1 2 24531473 C T
Osa02LNT0174100.1 2 24531718 C A
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Osa02LNT0174100.1 2 24531881 G T
Osa02LNT0174100.1 2 24531900 A G
Osa02LNT0174100.1 2 24532224 A G
Osa02LNT0174100.1 2 24532372 C T
Osa02LNT0174100.1 2 24532408 A G
Osa02LNT0174100.1 2 24532471 A T
Osa02LNT0174100.1 2 24532685 A C
Osa02LNT0174100.1 2 24532695 G A
Osa02LNT0174100.1 2 24532820 C T
Osa02LNT0174100.1 2 24532852 C A
Osa02LNT0174100.1 2 24533124 T C
Osa02LNT0174100.1 2 24533162 C T
Osa02LNT0174100.1 2 24533880 A T
Osa02LNT0174100.1 2 24534107 A T
Osa02LNT0174100.1 2 24534109 A T
Osa02LNT0174100.1 2 24534283 T G
Osa02LNT0174100.1 2 24534428 A C
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Osa02LNT0174100.1 2 24534852 T C
Osa02LNT0174100.1 2 24534945 G A
Osa02LNT0174100.1 2 24534975 A C
Osa02LNT0174100.1 2 24535166 T A
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Osa02LNT0174100.1 2 24535480 T C
Osa02LNT0174100.1 2 24535515 A T
Osa02LNT0174100.1 2 24535527 T C
Osa02LNT0174100.1 2 24535550 A G
Osa02LNT0174100.1 2 24535716 A G
Osa02LNT0174100.1 2 24536024 T C
Osa02LNT0174100.1 2 24536118 A C
Osa02LNT0174100.1 2 24536389 A G
Osa02LNT0174100.1 2 24536467 A G
Osa02LNT0174100.1 2 24536469 A T
Osa02LNT0174100.1 2 24536546 A G
Osa02LNT0174100.1 2 24536618 C T
Osa02LNT0174100.1 2 24536670 T C
Osa02LNT0174100.1 2 24537253 A G
Osa02LNT0174100.1 2 24537270 C G
Osa02LNT0174100.1 2 24537765 A C
Osa02LNT0174100.1 2 24537770 T G
Osa02LNT0174100.1 2 24537946 A G
Osa02LNT0174100.1 2 24538067 T C
Osa02LNT0174100.1 2 24538564 C T
Osa02LNT0174100.1 2 24538645 T C
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Osa02LNT0174100.1 2 24538952 T A
Osa02LNT0174100.1 2 24539114 T C
Osa02LNT0174100.1 2 24539371 C T
Osa02LNT0174100.1 2 24539399 T A
Osa02LNT0174100.1 2 24539468 A T
Osa02LNT0174100.1 2 24539952 A G
Osa02LNT0174100.1 2 24533486 A C
Osa02LNT0174100.1 2 24534292 A G
Osa02LNT0174100.1 2 24532377 A T
Transposon
Transcript ID Transposon ID Chromosome Strand Start End Counts
small RNA targets
Transcript ID MiRNA ID Inhibition Expectation Score Binding Start Binding End
Osa02LNT0174100.1 osa-miR5533 Cleavage 5.0 14.218 1 21
Osa02LNT0174100.1 osa-miR5534b Cleavage 4.5 14.346 1 21
Osa02LNT0174100.1 osa-miR5536 Cleavage 4.0 14.684 1 22
Osa02LNT0174100.1 osa-miR529b Cleavage 4.5 15.288 1 21
Osa02LNT0174100.1 osa-miR1860-3p Translation 4.5 7.298 1 22
Osa02LNT0174100.1 osa-miR1861b Cleavage 4.5 20.256 1 22
Osa02LNT0174100.1 osa-miR1861c Cleavage 4.5 16.911 1 22
Osa02LNT0174100.1 osa-miR1861d Cleavage 5.0 20.256 1 22
Osa02LNT0174100.1 osa-miR1861e Cleavage 5.0 16.911 1 22
Osa02LNT0174100.1 osa-miR1861f Cleavage 4.5 20.256 1 22
Osa02LNT0174100.1 osa-miR1861g Cleavage 4.5 16.911 1 22
Osa02LNT0174100.1 osa-miR1861h Cleavage 5.0 20.256 1 22
Osa02LNT0174100.1 osa-miR1861i Cleavage 4.5 20.256 1 22
Osa02LNT0174100.1 osa-miR1861j Cleavage 5.0 20.256 1 22
Osa02LNT0174100.1 osa-miR1861k Cleavage 5.0 16.911 1 22
Osa02LNT0174100.1 osa-miR1861l Cleavage 4.5 20.256 1 22
Osa02LNT0174100.1 osa-miR1861m Cleavage 5.0 16.911 1 22
Osa02LNT0174100.1 osa-miR2923 Cleavage 5.0 15.546 1 22
Osa02LNT0174100.1 osa-miR5489 Cleavage 4.0 14.056 1 21
QTL
Transcript ID Chr QTL Gene Character Major Character Minor Marker Interval1 Marker Interval2
Osa02LNT0174100.1 2 yld2.1 Morphological trait Seed RM262 RM263
Osa02LNT0174100.1 2 qSS-2 Physiological trait Sterility RM301 RM263
Osa02LNT0174100.1 2 qSB-2 Resistance or Tolerance Sheath blight resistance G45 RZ273
Osa02LNT0174100.1 2 nan Physiological trait Eating quality C621 C370
Osa02LNT0174100.1 2 qCSH2 Resistance or Tolerance Cold tolerance RM262 RM263
Osa02LNT0174100.1 2 qRPA-2-c Resistance or Tolerance Other soil stress tolerance C424 G45
Osa02LNT0174100.1 2 Sn2a Morphological trait Dwarf C424 G45
Osa02LNT0174100.1 2 Tiller number Morphological trait Culm/leaf R26 C424
Osa02LNT0174100.1 2 qPH-2 Morphological trait Dwarf RG324 RG83
Osa02LNT0174100.1 2 qRTT2-1 Resistance or Tolerance Drought tolerance RG157 RZ318
Osa02LNT0174100.1 2 nan Others Others C424 G45
Osa02LNT0174100.1 2 qPTD-2 Morphological trait Panicle/flower C424 G45
Osa02LNT0174100.1 2 nan Resistance or Tolerance Drought tolerance RG157 RZ318
Osa02LNT0174100.1 2 qGRH-2 Resistance or Tolerance Insect resistance C621 C601
Osa02LNT0174100.1 2 qPN2 Morphological trait Culm/leaf RZ961 RZ401
Osa02LNT0174100.1 2 nan Resistance or Tolerance Insect resistance RG157 RZ318
pre-miRNA
Transcript ID Pre-miRNA Identity(%) Alignment Length Pre-miRNA start Pre-miRNA end E-value Bitscore
GWAS
Transcript ID Chromosome Locus Trait Value Plus Minus